La Casa de las Historias Paula Rego fue diseñado por el arquitecto Eduardo Souto de Moura. El edificio hace uso de ciertos aspectos de la arquitectura histórica de la región, que aquí se reinterpreta de forma contemporánea. Puede ser inmediatamente reconocido gracias a sus dos torres en forma de pirámide.
Los árboles preexistentes en el terreno fueron considerados elementos importantes. El edificio varía en sus cuatro lados tanto en alturas como en tamaños. Eestá subdividido en espacios que entregan en otros, situándose alrededor de un espacio central de mayor altura, el cual contiene las exposiciones. El interior del edificio tiene 750 m2 de exhibición. En el interior tiene tonos neutrales y está pavimentado con un armo azul-gris de Cascais. También en su interior, el edificio incluye en su programa tiendas, un café, un jardín y un auditorio para alrededor de 200 personas.
A diferencia de otros museos, éste fue pensado de manera conjunta con los artistas. De tal manera que sus requerimientos y funciones calzan con su manera de trabajo y de relacionare con los asistentes.
Este diseño tiene un enfoque muy local, olvidándose por un momento de los cotidianos volúmenes ortogonales. El diseño además tiene un cuidado acercamiento con el entorno en el que se encuentra y una escala especialmente particular que se ajusta a la geografía.
Con este museo Souto de Moura desarrolla una arquitectura contemporánea que no repite los modelos antiguos. Sigue en parte de la teoría de Aldo Rossi, relacionada a la historia de las ciudades y su repercusión en la arquitectura a través de las iconografías que marcan cierta localidad: torres, chimeneas, silos, etc.